Здравствуйте! Вопрос такой: где именно в протоколе писать ходатайство? Или нужно на отдельном листочке?

Ходатайство, как правило, находится в стандартном месте протокола. Можно написать заявление о направлении рассмотрения дела по месту регистрации. Как выгоднее, решает каждый сам за себя, один из плюсов рассмотрения по месту регистрации - это территориальное расположение.