Есть авто с хорошим двигателем, я хочу приобрести такой же с плохим двиг., и произвести замену. Можно это оформить?

Да, сможете. Предьявляете автомобиль в начальном состоянии, получаете документы на высвободившийся агрегат, заявление на замену агрегата в ГИБДД, установка агрегата сертифицированной фирмой, предъявление автомобиля с другим агрегатом и постановка на учет.